Борис Годунов организовал государственные работы. Он привлекал москвичей и хлынувших в столицу беженцев к строительству, используя уже имевшийся опыт возведения колокольни Ивана Великого, раздавая хлеб из государственных закромов, разрешил холопам уходить от своих господ и искать возможности прокормиться. Но все эти меры не имели успеха. Поползли слухи, что на страну наложено наказание за нарушение порядка престолонаследия, за грехи Годунова.

В центре страны вспыхнуло (1603-1604) восстание холопов под предводительством Хлопка Косолапа. Оно было жестоко подавлено, а Хлопок казнен в Москве.

Смутное лихолетье советские историки объясняли прежде всего классовыми конфликтами. Поэтому в событиях тех лет выделялась прежде всего Крестьянская война XVII в., на фоне которой протекали события Смутного времени. В настоящее время многие специалисты характеризуют события конца XVI начала XVII в. как гражданскую войну.