По инициативе Алексея Михайловича, во внутренней политике была пересмотрена система управления государством. Был создан приказ тайных дел, который подчинялся царю. Большое внутриполитическое влияния на государственные дела имела и Боярская дума. В Боярскую думу входили представители наиболее родовитых дворянских фамилий. Дума заседала постоянно, однако для решения наиболее важных вопросов иногда созывались Земские Соборы. В 17 веке, благодаря внутриполитическим реформам Алексея Михайловича увеличилась власть приказов - учреждений занимавшихся как внутренней политикой, так и внешней.