В 1560 г. Правительство Избранной рады пало. Между царем и его советниками давно были серьезные политические разногласия. Укрепление государства и его централизация требовали глубоких реформ, рассчитанных на длительный период времени, но царю нужны были немедленные результаты.

Существенные разногласия были во внешней политике: Избранная рада не поддерживала Ливонскую войну, считая более важным оборону южных границ и освоение земель, лежащих к югу от Тулы.

В 1560 г. Сильвестр был отправлен в ссылку, в Соловецкий монастырь, Адашев стал воеводой в Ливонии, затем был арестован и умер в тюрьме, Князь Курбский, пониженный в должности на Ливонской войне, опасаясь за свою жизнь, бежал в Литву со своими единомышленниками. Избранная рада прекратила свое существование.