В результате Ливонской войны и опричнины земля была разорена. Крестьяне бежали на Дон и Волгу, многие бояре и дворяне стали нищими. Перепись земель, проводимая в конце века, показала, что примерно половина ранее обрабатываемых земель превратилась в пустоши. Это сыграло важную роль в следующем этапе закрепощения крестьян.